與糧食作物品種轉讓費用較高、分配規則較為明確相比，蔬菜品種一般轉讓費用較低，利益分配規則也沒有那么明確。

    廣東科農蔬菜種業有限公司總經理黃智文介紹，公司作為廣東省農科院蔬菜所的經營實體，品種全部來源于蔬菜所。公司返還給蔬菜所的經營收益由所里視情況分配給育種家作為科研經費以及獎勵，但分配方式并不明確。黃智文告訴記者，對于貢獻較大或者選育出的品種在市場上表現較優的育種家，所里會給適度獎勵，但并不是品種權收益的分成。“蔬菜所的科研經費來自差額撥款和財政撥款，專家育種是職務行為，品種權在本質上是歸屬單位的。因此，單位分配給育種家的是獎勵，而非利益分成。”廣東省農科院蔬菜所專家黃河勛也表示，選育出的品種屬于職務成果，育種家獲得多少獎勵應由單位決定。

    在實際操作中，一些育種科研院所并未嚴格按貢獻大小來獎勵育種家，而是將單位的收益進行總體核算，然后按照職位、職稱等因素分配給個人，目標是“實現大部分人的收益最大化”。這種“大鍋飯”的做法被許多育種家所詬病，認為其不能反映各人努力程度的差別，對專家的育種積極性造成消極影響。另一方面，分配給育種家的收益部分有時并沒有真正進入育種家的個人賬戶，而是直接轉成了課題組下一批項目的科研經費。育種家得不到及時的經濟鼓勵，更愿意通過研究發表論文等學術成果，而不是培育可以商業化推廣的品種。

    這些潛規則與育種界重視社會效益，忽視經濟效益的傳統有著深刻聯系。據廣東農科院蔬菜所前所長卓齊勇回憶，15年前，品種經營效益的兩到三成歸育種家個人，但當時效益并不高，分配的錢也很少。“以前的育種家不看重錢，選育品種的動力除了為國為民外，更實在的效益是取得成果評定，從而提升職稱和學術影響力。我曾經有2個成果獲得省科技進步一等獎，所里給予的獎勵是工資升一級，每月加50元，這在當時已經算很不錯的了。”

    即便是大田作物品種轉讓費分配，同樣存在潛規則，因為退休、職務等方面原因，育種界能享受到的提成很低。吉祥1號以2680萬元轉讓，其育種家萬廷文價值并沒有得以體現。當然，也有企業和育種家聯系，私下敲定品種轉讓事宜，這樣沒有單位出面，育種家可以獲得全部轉讓費。