防潮濕結塊 化肥因吸濕而引起的潮濕或結塊，是貯存中比較普遍的問題，空氣濕度愈嚴重，應把肥料放在干燥、陰涼的倉庫里，堆垛離墻要有30～50厘米的距離，倉庫的溫度在30℃以下，相對濕度以40%～70%為宜。
防養分揮發 對于穩定性較差的化肥，如碳酸氫銨必須包裝嚴實，保持干燥，防止陽光直射。使用時應隨開隨用，用完一袋再拆一袋，用剩的肥料要扎緊袋口。對氯化銨、硫酸銨、硝酸銨、碳酸氫銨等銨態氮肥，要注意不與堿性肥料同庫混存，以減少氮素損失。
防腐蝕損害 化肥一般都具有腐蝕性，特別是過磷酸鈣、氯化銨等酸性肥料，在貯存過程中極易產生揮發酸，不要把農機具如噴霧器、犁、鐵桶等與化肥長期放在一起，以防腐蝕損壞。
防中毒發生 不能把碳酸氫銨、尿素、硝酸銨、過磷酸鈣等化肥與種子放在一起貯存，否則會影響種子發芽率，嚴重時會使種子失去發芽能力。除此以外，不能將食物、農藥、飼料、菌種和化肥混存，以免發生中毒事故。
防起火爆炸 硝酸鹽類化肥在貯存時要特別注意嚴禁煙火，切勿和易燃物品堆放一起。一旦著火，不能使用各種化學滅火劑，應先用砂土壓蓋再用水撲滅。
