轉基因育種技術與傳統育種技術在本質上一脈相承，兩者的本質都是通過改變基因及其組成獲得優良性狀。

 

　　轉基因育種技術與傳統育種技術也有區別，傳統育種一般只能在生物物種內個體上實現基因轉移，操作對象是整個基因組，不能準確地對某個基因進行選擇，選育周期長，工作量大，雜交后代的表型不可預測。轉基因育種的優勢在于可以打破物種界限，拓寬了遺傳資源的利用范圍，實現已知功能基因的定向高效轉移，使生物獲得人類需要的特定性狀，為高產、優質、抗逆農業生物新品種培育提供了新的技術途徑。

 

　　這種基于對基因進行精確定向操作的育種方法，效率更高，針對性更強。例如，轉基因抗蟲棉就是將蘇云金芽孢桿菌中的殺蟲蛋白基因轉移到棉花中，使棉花獲得抗棉鈴蟲特性，減少農藥使用，實現穩產增產、提質增效；耐草甘膦大豆就是將自然界中分離的耐草甘膦基因轉入大豆，從而在使用滅生性除草劑草甘膦除草時就能夠做到只除草而不危及大豆，既增加了種植密度，有效去除雜草，又能降低勞動強度和除草成本，從而能夠提高大豆種植效益。