我國對農業轉基因生物實行分階段安全評價管理制度，按過程分為實驗研究、中間試驗、環境釋放、生產性試驗、申請安全證書等5個階段。
研發單位向農業農村部提出申請，經國家農業轉基因生物安全委員會安全性評價合格并審批后，才能獲得農業轉基因生物安全證書。國家農業轉基因生物安全委員會每年至少召開兩次評審會議，安全證書的評審結果在農業農村部網站“轉基因權威關注”欄目公布。
農業轉基因生物安全評價內容分為食用安全風險和環境安全風險。食用安全風險包括營養學評價、致敏性評價、毒理學評價以及可能的非預期效應；環境安全風險包括生存競爭能力評價、基因漂移的環境影響評價、生物多樣性影響評價以及靶標害蟲抗性風險評價。在具體評價過程中，依據轉基因生物的用途，安全評價的側重點不同。
中科院許智宏院士曾在科普講壇上評價道“轉基因農作物評定可以說是有史以來最嚴格的對農作物品種的評定，不僅要通過食品安全評價，還要通過環境安全評價等”。所有轉基因作物上市前都會通過這一套非常嚴格的安全評價和審批程序，確保通過評價的產品與傳統產品一樣安全。
