食用菌發生侵染的病蟲種類多，危害重。據初步統計，侵染培養料、菌絲體和菇體的雜菌、病菌和害蟲種類達100多種，各種病菌和害蟲在不同的季節，以不同的方式與食用菌爭奪營養，侵害菌絲和菇體。
防治措施：
1.選用優良品種和優質菌種。選用適合當地栽培條件、抗病蟲能力強的優良品種。
2.選用純正、菌齡適宜、生命力旺盛的菌種，以保證接種后恢復快、吃料快，抗病蟲能力增加。
3.選用優質原料。使用新鮮、干燥、無霉變、無蟲蛀的原料，培養料的選擇和配制，要充分考慮到栽培品種的生長發育需要，從而抑制雜菌，提高抗病能力。同時，要做好培養料的貯藏和保管，防止培養料受雨淋，導致發霉、變質。
4.搞好栽培場所的環境衛生，菇房要遠離飼養場、垃圾堆、糞便池，而且要接近水源，通風向陽，門窗及通風口要安裝防蟲網。種菇前，菇房內外要進行1次徹底的清理和消毒。生產中的廢料應運到遠離菇房的地方，生產場所做到無雜物、無污水、無廢料。
5.嚴格執行操作規程。生產中，操作人員要嚴格按照栽培中的操作規程操作，尤其是接種過程，生產場所、接種工具、菌種和培養料包裝物、接種人員都要認真消毒，保證在無菌條件下操作，并要求接種快速、高效。
6.創造最佳生長發育條件。在栽培管理中，應根據各品種對其生長發育條件的要求，對溫度、濕度、光線、酸堿度、營養成分、通氣條件進行科學管理，使整個環境條件適合該品種的生長發育，從而減少病蟲和雜菌的滋生。
