“十二五”期間，四川種業將全面貫徹落實科學發展觀，按照四川農業發展“三個跨越”的總體要求，緊緊圍繞保障糧食安全、發展特色效益農業、促進農民增收和發展現代農業的總體目標，以市場和生產需求為導向，以質量和效益為中心，以體制和機制創新為動力，以工程和項目為載體，努力夯實“四大基礎”，即重點建設農作物品種區域試驗展示、良種繁育、種子質量監管體系和龍頭企業新品種研發等四大基礎設施；著力提升“四大能力”，即著力提升種業科技創新能力、良種有效供給能力、良種推廣應用能力、種子監督管理能力；大力提高種子“三率”，即提高良種覆蓋率、品種優質率和種子貢獻率。
    四川種業“十二五”期間的發展目標是：全力打造種子產業的核心競爭力，建立現代種業體系，實現由種業大省向種業強省的根本性轉變。到2015年底，通過建設一批高產穩產的標準化良種繁育基地，規劃落實一批功能齊備的農作物新品種區域試驗站，不斷完善全省種子質量監督管理體系，努力創建現代種業新品種研發中心，推進種子企業育、繁、推一體化和機制創新進程，打造一批具有國內先進水平的種業企業和知名品牌，使我省主要雜交種子商品率穩定在100%，常規種子商品率提高到60%以上，良種覆蓋率平均達到95%以上，品種優質率達到75%以上，良種對農業增產的貢獻率提高到45%。實現種子年產值85億元以上，培育具有生物育種優勢的種業龍頭企業10家，啟動生物產業優勢核心區建設，創建種子名牌商標10個，帶動基地農民年人均增收100元，有效支撐我省現代農業邁上新臺階。