全基因組選擇育種（genomic selection，GS）的思想是Meuwissen等學者于2001年最早提出來的，具體是指利用高通量測序技術對群體進行研究，定位到控制某個目標性狀的基因，然后通過序列輔助篩選或者轉基因的方法來選育新的品種。全基因組選擇育種可以獲得高準確度的育種值，它主要利用的是連鎖不平衡信息，以保證利用標記估計的染色體片段效應在不同世代中都相同。目前，正在繪制雞、牛、豬、羊等家畜基因組序列圖譜及SNP圖譜，基因組研究提供了大量的標記，確保了有足夠高的標記密度，而且由于大規模高通量的SNP（single nucleotide polymorphism，單核苷酸多態性）檢測技術也相繼建立和完善，使得全基因組選擇方法的應用成為可能，并且將成為一項新的育種技術。

 

　　與分子標記輔助選擇育種（molecular marker assistant selectionbreeding，MAS）相比，GS技術存在很多優勢，首先，它能準確估計所有的遺傳和變異效應，而MAS只能對部分遺傳變異進行檢測，并且容易高估其遺傳效應。其次，GS顯著縮短了物種的世代間隔，大幅度提高了畜禽選育的遺傳進度，生產成本大大降低。最后，GS有效克服了一些MAS難以測定性狀的困難，擴大了育種范圍，可靠性大大提高。

 

　　盡管GS能顯著提高畜禽選育的遺傳進度，但仍受到許多因素的影響，如標記類型和結構、標記密度和標記間的連鎖不平衡程度、表型世代數、性狀的遺傳特性、世代間隔距離等，因此，在育種過程中，科學家必須通過大量標記和篩選，確定最優遺傳性狀后才能進行試驗，以保證選育的最優性和高效性。

 

　　由于GS技術具有降低生產成本并可縮短世代間隔等優勢，近幾年來，其已成為遺傳育種領域的研究熱點，尤其在畜禽育種中大量應用。例如，通過該技術已選育出產奶量高、品種優良的奶牛，以及繁殖力、飼料利用率、肉質等性狀顯著提升的肉雞、豬等。