從事農業轉基因生物研究與試驗的單位是安全監管的第一責任人，需要建立與安全等級相適應的安全設施和措施，確保農業轉基因生物研究與試驗的安全，并成立農業轉基因生物安全小組，負責本單位農業轉基因生物研究與試驗的安全工作。在田間試驗開始前，需要將試驗的時間、地點、品種、規模等信息形成詳細的申報書向國務院農業行政主管部門提出申請，經農業轉基因生物安全委員會進行安全評價合格的，由國務院農業行政主管部門批準后，按批準文件要求開展試驗。
農業農村部制定了《轉基因作物田間試驗安全檢查指南》，以加強轉基因作物田間試驗安全監管，規范檢查方法和檢查內容。各級農業行政主管部門根據指南對其屬地內的轉基因作物田間試驗種植進行監督檢查。內容包括：播種期主要檢查試驗材料、試驗面積、安全控制措施及剩余材料處置等；開花期主要檢查試驗記錄、隔離措施與試驗面積等；收獲期主要檢查試驗材料收獲、保管、處置及植株殘留物的滅活處理等；試驗結束后主要檢查自生植物的去除措施及殘留情況等。
農業農村部每年制定轉基因生物安全監管方案，明確監管重點和監管措施，指導各地農業行政主管部門開展安全監管執法工作。農業農村部成立轉基因督查組赴重點地區，就轉基因田間試驗進行督導檢查，開展轉基因成分例行檢測和抽檢。對違規銷售、種植轉基因作物的現象，發現一起查處一起。
