農作物種子分為常規種和雜交種。常規種一般是指同一品種的父本和母本通過自然授粉形成的種子，在雜交種出現之前，農民一直通過自留常規種來種植莊稼。雜交種是通過一定技術和方法將一個品種的花粉授給另一個品種，從而結實產生的種子，雜交種能夠綜合、甚至會超越父本母本兩個品種的優勢。根據不同農作物的特點，種子類型也有所不同，如目前玉米基本都是雜交種，而大豆、小麥則多為常規種，水稻既有雜交種又有常規種。如果雜交種自行留種種植，后代會因發生性狀分離，導致作物整齊度不一、農藝性狀顯著下降，嚴重影響產量和品質，所以實際生產中一般不留種。比如，玉米雜交種具有產量高、抗病蟲害能力強等優勢，但是種子來年再種則會發生參差不齊、性狀不優、產量下降的情況，因此不宜留種，需要購買新種。但對于常規種來說，可以繼續留種。因此，作物能不能留種和轉基因沒有直接關系，關鍵在于種子本身是常規種還是雜交種。

 

　　種子一般由種皮（有保護作用）和胚（包括胚根、胚芽、胚軸、子葉）組成，部分種子還含有胚乳，只要種子具備上述完整的結構和活力，在適宜的溫度、水分等條件下，它就可以吸收土壤中的水分和營養，突破種皮發芽。種子發芽率與溫度、濕度、化學抑制劑處理等因素有關，跟是否為轉基因無關。市場上小麥、玉米、水稻等作為糧食出售時，為了防止發芽帶來的損失，有時候會進行滅活處理，例如使用高溫熏蒸等措施來破壞種子的內部結構，所以一般買來的糧食是不能發芽或者發芽率不高的，這與是否為轉基因糧食也沒有任何關系。