轉基因育種技術具有三方面明顯優勢，一是更精準高效，傳統育種技術是隨機的，很大程度上是靠科學家的經驗，基因重組和突變的隨機性很大，通常需要幾年甚至幾十年時間才能達到育種目的，而轉基因育種能夠準確知道目標基因會起到什么樣的作用，清楚轉進去之后會出現什么結果，效率非常高。

 

　　二是基因資源利用率高，可以打破生殖隔離。由于不同物種間存在生殖隔離，傳統育種只能在親緣關系較近的種群內交換遺傳物質，可用的遺傳資源有限。轉基因技術則打破了生物物種間基因重組的界限，可以有效利用植物、動物、微生物的遺傳資源，把傳統育種不可能實現的基因轉移變成可能。

 

　　三是可以帶動農業生產方式的根本性變革。轉基因作物具備的抗蟲耐除草劑特性使其更適于平作密植、免耕秸稈覆蓋等綠色輕簡化栽培技術。此外，轉基因大豆和玉米均可使用草甘膦除草，可以解決帶狀復合種植過程中大豆玉米使用不同除草劑帶來的施藥難題，以及大豆玉米輪作中常規除草劑殘留對下茬作物的藥害問題。在推動農業綠色高效發展方面具有巨大的應用潛力。