由于菠菜植株的性型比較復雜，故應注意掌握好留種的技術。
菠菜植株的性型大致可分為以下四種：一是絕對雄株，只開雄花。二是營養雄株，只開雄花，與絕對雄株比較，基生葉較大，抽薹較遲。三是雌株，僅開雌花，抽薹較雄株遲。四是雌雄同株，同一植株開雌花和雄花，或開“兩性花”，花期與雌株相接近。
當發現留種田內有部分植株開始抽薹時，即應將絕對雄株和抽薹早的雌株，以及病株、弱株、雜種株等及早拔除，并隨即追肥一次，以促使種株多發分枝。以后還應陸續拔除一部分營養雄株，通常每平方米面積只需留下3-5株與雌株同時開花的營養雄株便可（供授粉用）。待雌株結籽后，即可把全部營養雄株拔除。
當植株莖葉大部分已枯黃，果皮轉呈黃綠色時，便可收割種株，經堆放3-5天，讓其進行“后熟”，然后再進行脫粒、晾干貯藏。
菠菜雜交種子生產，一般宜采用父、母本為1∶4行的種植方式，但需注意不斷地將母本行中的所有雄株和兩性株、以及父本行中的雌株和兩性株，及時全部拔除干凈。
