番茄常見生理障害有臍腐病、筋腐病、空洞果、裂果、畸形果、日燒果、生理性卷葉等。
臍腐病
原因：目前尚未明確，多數人認為是果實缺鈣所致。
防治措施：土壤中應施入消石灰或過磷酸鈣作基肥；追肥時要避免一次性施用氮肥過多而影響鈣的吸收；定植后勤中耕，促進根系對鈣的吸收；及時疏花疏果，減輕果實間對鈣的爭奪；坐果后30d內，可葉面噴施1%的過磷酸鈣或0.1%氯化鈣。
筋腐病
原因：普遍認為番茄植株體內碳水化合物不足和碳/氮比值下降，引起代謝失調，致使維管束木質化，是導致褐變型筋腐果的直接原因。而白變型筋腐果主要是由于煙草花葉病毒（TMV）侵染所致。
防治措施：生產中可通過選用抗病品種，改善環境條件，提高管理水平，實行配方施肥等方法來防止筋腐病的發生。
空洞果
原因：空洞果的形成是由于花期授粉受精不良或果實發育期養分不足造成的。
防治措施：生產中選擇心室數多的品種，不易產生空洞果；同時生長期間加強肥水管理，使植株營養生長和生殖生長平衡發展；正確使用生長調節劑進行保花保果處理。
裂果
原因：主要是高溫、強光、土壤干旱等因素，使果實生長緩慢，如突然灌大水，果肉細胞還可以吸水膨大，而果皮細胞因老化已失去與果肉同步膨大的能力而開裂。
防治措施：除選擇不易開裂的品種外，管理上應注意均勻供水，避免水分忽干忽濕，特別應防止久旱后過濕。植株調整時，把花序安排在架內側，靠自身葉片遮光，避免陽光直射果面而造成果皮老化。
畸形果
原因：番茄畸形果多是由于環境條件不適宜而致。使用生長調節劑蘸花時，濃度過高易形成尖頂果。
防治措施：苗期加強溫光水肥管理，特別是在花芽分化期，要防止溫度過高或過低；開花結果期合理施肥，使花器得到正常生長發育所需營養物質，防止分化出多心皮及形成帶狀扁形花而發育成畸形果。使用生長調節劑保花保果時，要嚴格掌握濃度和處理時期。
日燒果
原因：果實受陽光直射部分果皮溫度過高而灼傷。番茄定植過稀、整枝打杈過重、摘葉過多，是造成日燒果的重要原因。天氣干旱、土壤缺水或雨后暴晴，都易加重日燒果。
防治措施：合理密植，適時適度地整枝、打杈，果實上方應留有葉片遮光，搭架時，盡量將果穗安排在番茄架的內側，使果實不受陽光直射。
生理性卷葉
原因：植株在干旱缺水條件下，為減少蒸騰面積而引發的一種生理性保護作用。另外，過度整枝也可引起下部葉片大量卷葉。
防治措施：生產中應均勻灌水，避免土壤過干過濕，設施栽培中要及時放風，避免溫度過高。生理性缺水所致卷葉發生后，及時降溫、灌水，短時間就會緩解。同時，注意適時、適度整枝打杈。
