在苜蓿病害綜合防治體系中，農藥的應用十分有限。所以苜蓿病害的防治更加注重于“防”，更加依賴于農牧措施。包括整地（區域、地點、前作、種床、肥力）、播種（品種、種子質量、種子處(chu)理(li)單播(bo)、混播(bo)、播(bo)期(qi)、播(bo)量、播(bo)深）、田間管(guan)理(li)（肥料(liao)、水分、雜(za)草、病害(hai)(hai)監測、蟲害(hai)(hai)監測、田間建植(zhi)、殘茬）、利用(yong)(yong)與收(shou)獲（刈割、放(fang)牧(mu)、收(shou)種、利用(yong)(yong)方(fang)式、利用(yong)(yong)時機、利用(yong)(yong)順序）、儲藏(zang)（溫度(du)、濕度(du)、氧氣、藥(yao)劑）的全過程。

    1、利用抗病品種

    抗病(bing)品(pin)(pin)(pin)種的利用是(shi)防(fang)治苜(mu)蓿(xu)(xu)及其他牧草病(bing)害(hai)的最有(you)效和最主要(yao)的措(cuo)施，有(you)時甚(shen)至是(shi)唯一(yi)的有(you)效措(cuo)施，這(zhe)已成為(wei)草地(di)與草病(bing)工作者的共識。美國培育的抗病(bing)性(xing)苜(mu)蓿(xu)(xu)如：皇后2000（Empress2000）、全能（Total+Z）、全明星（Alfastar）、盛世（Millennmium）、豐寶（Powerplant）、牧歌702（AmeriGraze 702）、巨人802（AmeriStand 802）、南霸天(tian)（Alfasuper）等。可(ke)以認為(wei)，這(zhe)些品(pin)(pin)(pin)種對苜(mu)蓿(xu)(xu)的大多數病(bing)害(hai)有(you)較強(qiang)的抗性(xing)，所以，在(zai)引進苜(mu)蓿(xu)(xu)品(pin)(pin)(pin)種時，應(ying)注意(yi)選擇相應(ying)抗病(bing)性(xing)的品(pin)(pin)(pin)種。

    2、牧草混播

    不同種的牧(mu)草，特(te)別是豆科(ke)與(yu)(yu)禾本科(ke)牧(mu)草混(hun)(hun)播(bo)(bo)，由于(yu)其可(ke)(ke)提(ti)高土(tu)壤(rang)肥力，增(zeng)加牧(mu)草產量(liang)冰改善群落結構的穩定性，是草地生產中(zhong)的常用(yong)措施(shi)。研究表明(ming)：苜蓿(xu)(xu)與(yu)(yu)無芒雀麥混(hun)(hun)播(bo)(bo)，可(ke)(ke)顯(xian)著地降低苜蓿(xu)(xu)褐斑(ban)病(bing)與(yu)(yu)黑莖病(bing)的發病(bing)率；苜蓿(xu)(xu)與(yu)(yu)披堿草或粗穗披堿草混(hun)(hun)播(bo)(bo)，可(ke)(ke)明(ming)顯(xian)抵抗苜蓿(xu)(xu)褐斑(ban)病(bing)；多年生黑麥草與(yu)(yu)紅三(san)葉混(hun)(hun)播(bo)(bo)，抵抗病(bing)害且增(zeng)加產量(liang)等。

    3、殺菌劑拌(ban)種

    殺菌(jun)劑拌種(zhong)是發(fa)達國(guo)家(jia)防治種(zhong)傳和(he)土(tu)傳病害，提高(gao)牧(mu)草(cao)種(zhong)子發(fa)芽和(he)田間(jian)出苗(miao)率的有效措施，在20世紀40年代以來，一直用于包括(kuo)苜蓿(xu)在內的各(ge)種(zhong)牧(mu)草(cao)及飼料作物。研究表明：我(wo)國(guo)11個省區，絕大多數苜蓿(xu)種(zhong)樣帶菌(jun)率非常高(gao)，且10余種(zhong)種(zhong)子帶真(zhen)菌(jun)可嚴重降(jiang)低苜蓿(xu)種(zhong)子的萌發(fa)和(he)幼苗(miao)的生長。

    4、合理施(shi)肥

    施肥(fei)的(de)(de)(de)(de)作用(yong)：增(zeng)(zeng)強植物的(de)(de)(de)(de)抗病(bing)性，補償因病(bing)害引致的(de)(de)(de)(de)損失或提高土(tu)(tu)壤(rang)中(zhong)(zhong)有益微生物活動(dong)。研究表明：土(tu)(tu)壤(rang)中(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)硫含量低，是加(jia)重苜蓿根(gen)(gen)腐(fu)病(bing)的(de)(de)(de)(de)原因之(zhi)一；增(zeng)(zeng)施鉀肥(fei)可降低苜蓿根(gen)(gen)病(bing)的(de)(de)(de)(de)發病(bing)率(lv)和鐮刀(dao)菌的(de)(de)(de)(de)侵入(ru)率(lv)；增(zeng)(zeng)施氮肥(fei)可增(zeng)(zeng)加(jia)苜蓿黑莖病(bing)的(de)(de)(de)(de)發病(bing)率(lv)，而土(tu)(tu)壤(rang)中(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)鈣可降低莖線蟲對牧畜的(de)(de)(de)(de)危害。

    5、草地合理(li)利用

    草地(di)合理利用減輕病害(hai)(hai)(hai)危害(hai)(hai)(hai)的原理是減少(shao)田間病原物數量及增強(qiang)植物自身的活力。當苜蓿地(di)上部分普遍發生葉斑病，如(ru)褐斑病、霜霉病、白粉(fen)病等病害(hai)(hai)(hai)時，應(ying)(ying)提早刈割或放(fang)牧(mu)，以減少(shao)田間侵(qin)染原的積累，降(jiang)低再生牧(mu)草的發病率。但這一措施不適(shi)應(ying)(ying)根(gen)(gen)病，當苜蓿發生根(gen)(gen)病時，增加刈割的次數，便(bian)相應(ying)(ying)地(di)增加病害(hai)(hai)(hai)的嚴(yan)重度(du)與(yu)植株的死亡率。

    6、焚燒殘茬

    早期焚燒(shao)苜蓿(xu)(xu)殘(can)茬，減輕病(bing)害(hai)的原理是減少生長季(ji)中初級(ji)侵染源(yuan)，即病(bing)原物的數(shu)量。焚燒(shao)亦是消滅(mie)苜蓿(xu)(xu)田中菟(tu)絲子危害(hai)的有效措施。