只要管理得當，紫甘藍一般很少有病害，所以容易生產出無公害的可以生食的產品。紫甘藍僅在苗期濕度大時可能會有猝倒病、霜霉病等苗期病害，可用云生、大生、多菌靈、新露靈、安克農藥等進行防治。蟲害主要有蚜蟲、小菜蛾、菜青蟲等，蚜蟲可用50%避蚜霧可濕性粉劑2000-3000倍液或鎮蚜1000-1500倍液噴霧；菜青蟲可用安治微乳劑1000-1500倍液或保得26.7-33.3毫升/畝噴霧；小菜蛾可用除盡1000-1500倍液或易福1000倍液防治。