番茄側枝多，易造成蔭蔽和頹耗養分，整枝就是人為干預控制側枝生長，使莖葉生長與果實發育保持平衡，常用的整枝法為：

　　1、單桿式整枝每株只留一條主莖，其余側枝全部摘除，使養分集中供給主莖，果實大，此法適于肥水充足、密植條件下采用。

　　2、一桿半整枝在單桿整枝基礎上，保留主桿第一花序下面的一個側枝，結1-2臺果后摘心，此法能提高早期產量。

　　3、雙桿整枝保留主莖，再留一條第一花序下葉腋抽生的側枝，任其生長形成雙桿，其余側枝全部摘除，此法應適當放寬株行距，或者在肥力不足、畝株數不足及缺塘時可采用此法。

　　自封頂型的番茄不宜采用單雙桿整枝，但也不能任其自由生長，應將過密側枝摘除。如前述側根與側枝的發生有同伸關系，為了使側根能順利發生與伸展，側枝不宜過早摘除，應在側芽長至7-8厘米時摘除。

　　番茄生長后期，枝葉繁茂，通風透光不良，容易導致病害，應及時疏除下部老葉、黃葉、病葉和密葉。

　　最后，在整枝打杈要注意以下3點：

　　1、把握好打杈時間在1天中，最好選擇晴天高溫時段進行打杈。早晨打杈產生傷流過大，造成養分的流失；中午溫度高，打杈后傷口愈合快，且傷流少；如果下午4點鐘以后打杈，夜間結露易使傷口受到病菌侵染。

　　2、做好消毒工作打杈前做好消毒工作，防止交叉感染因人手特別是吸煙者的手往往帶有煙草花葉病毒及其他有害菌，如消毒不徹底極易引起大面積感染。所以，在進行操作前，人手、剪刀要用肥皂水或消毒劑充分清洗。在打杈時，要有選擇性。即先打健壯無病的植株，后打感病的植株，打下來的殘體要集中堆放，然后清理深埋，切忌隨手亂扔。

　　3、適當留茬很多菜農在打杈時將杈從基部全部抹去。這種做法的缺點在于，一旦發生病菌侵染，病菌很快沿傷口傳至主干，且創傷大，不利傷口愈合。正確的做法應該是打杈時在杈基部留1-2厘米高的茬，既可有效阻止病菌從傷口侵入主干，又能使創面變小，有利傷口愈合。