投資農作物種業，是現代種業發展基金設立的出發點，是國家賦予的使命，先農投資作為現代種業發展基金管理人將專注于為我國種業發展服務，在具體投資領域上側重于關系國家糧食安全的一些主要作物品種，如玉米、水稻、小麥、大豆、馬鈴薯等，同時兼顧一些具有競爭優勢的品種，如棉花、油菜、花生等。另外，基金還將根據國家農業產業政策要求，結合基金發展實際，適時投資畜牧、水產等種業領域，并適當向其他農業領域外延和拓展。
基金以股權投資為主要形式，向有發展潛力的種子企業提供資金、管理等方面的支持。具體將根據標的企業情況，采取包括普通股、優先股、優先認股權、可轉債等方式投資參股，通過優化股權結構和管理輸出，改善被投資企業公司治理和財務管理，提升被投資企業產業地位和企業價值。
基金作為企業參股方，不謀求實質控制。通過為企業提供各項增值服務，促進企業提升品種研發能力、標準化生產能力、網絡營銷能力和系統綜合管理能力，為企業積極參與市場競爭增添活力和動力。
基金投資標的選擇，將突出4個重點：一是大型現代農作物種業集團或具備這一潛質的種業企業；二是育繁推一體化的專業化種子企業，一般要求每年研發投入占經營收入的5%以上，國內目標作物市場占有率10%以上；三是在產業鏈中某些環節的資源優勢突出、能夠通過并購整合其他渠道資源迅速成長為以上層級的企業；四是探索參與國家級育種基地、種子交易平臺以及科研育種平臺的投資建設。
