每年總有一些農戶因浸種、催芽過程把關不當，造成種子發芽不整齊，甚至發酵發臭引起爛種，造成了不應有的損失。
一、爛種原因
1、水質不凈、換水不勤。雜交水稻種子由于在制種過程中噴施了“920”、“調花靈”、“磷酸二氫鉀”、米醋等激素和藥物，加上母本張穎角度大，穎殼上吸附了各種激素和微生物，如果浸種換水不勤、水質渾濁，易產生氣泡，發酸發臭，就會影響發芽率，甚至爛種。
2、強氯精浸種消毒，沒有把好關口。強氯精對水稻細條病、白葉枯病、稻瘟病、惡苗病等有很強的殺菌作用，但對發芽率也有一定的影響，如果浸種濃度太高，沖洗不干凈，會降低發芽率。
3、亂用浸種催芽工具。一些農戶用通透性差的化肥、農藥、塑料袋浸種，有毒物質難排出，新鮮氧氣也不易進入，毒害了種子。
4、催芽沒有控制好水分和溫度。責任田分田到戶后，催芽方式五花八門。催芽時沒有測量好溫度，又沒勤檢查，全憑經驗和感覺，無法控制好水分和溫度，易造成燒芽爛種。
二、提高雜交水稻種子發芽率，防止爛種的主要技術措施
1、種子浸種前要曬種。曬種時間安排在浸種前3天，曬時薄攤、勻攤、勤翻、曬至口咬谷粒有響聲為度。曬后放在干燥處等待浸種。
2、活水浸種。種子用袋裝好，置于小溪、小河或水龍頭下用流動活水浸種，可有效清除附著于穎殼上的激素和微生物；無活水浸種條件的，應做到勤換水，勤沖洗、防止發酸發臭。
3、選用容易透氣的浸種催芽工具。禁用密不透氣的塑料袋，盡可能不用化肥、農藥袋。
4、把好種子消毒關。水稻許多病害都附著在種子上，因此播種前結合浸種要進行種子消毒，強氯精是種子消毒的良好藥劑，但一定要掌握好劑量和濃度，其浸種技術要點，一是每5克強氯精加水2公斤，可浸2公斤種子；二是先將種子用清水先浸12小時，再置于配好的藥液中浸12小時，而后撈出種子用清水沖洗干凈，再用清水浸種至催芽。
5、提倡少浸多露浸種（夜浸日露）。雜交水稻種子不耐浸泡，隨著浸泡時間的延長，吸脹過度，造成種子損傷，使發芽生長不旺盛，其次浸種過長易使水質變壞導致發酸發臭。為此提倡夜浸日露的間歇浸種有利于提高發芽率。
