造成櫻桃番茄著色不良的原因很多，概括起來主要是溫度過高、光照過強、氮肥施用過多而鉀肥施用不足等。

　　棚內溫度過高。番茄果實著色的過程是葉綠素分解和茄紅素、類胡蘿卜素形成的過程。當棚內溫度過高或過低時，都會抑制茄紅素的形成。一般情況下，當棚內溫度高于30℃時，就會影響茄紅素的形成。在很多拱棚內因前期連陰天較多，不少菜農已經撤掉了遮陽網，導致棚內溫度在40℃以上，長時間的高溫勢必會導致櫻桃番茄著色不良。建議菜農將撤掉的遮陽網重新覆蓋上，確保棚內溫度適合櫻桃番茄正常生長。

　　光照過強。在拱棚內只要是果實被葉片遮住的部分或背陰部分，櫻桃番茄普遍著色較好，而完全暴露在陽光下的或向陽面的果實顏色發黃。這種現象說明光照過強同樣會抑制茄紅素的形成，導致著色不良。建議菜農在晴天應注意遮陽網的使用，并盡量加大放風口；另外摘葉不可過度，可用葉片遮擋果實，避免光照過強。

　　氮肥使用過多、鉀肥使用不足。因現在溫度較高，菜農在施肥時往往注重氮肥的施用，忽視了鉀肥的施用，同樣會造成櫻桃番茄著色不良。氮素過多，櫻桃番茄容易出現綠肩現象；而鉀肥不足時容易出現黃綠色果肩。因此在膨果期應注意增施鉀肥，同時應減少氮肥的用量。