轉基因作物可成為“環境衛士”，從多個維度為環境保護提供助力，具體體現在以下三方面：其一，抗蟲技術能減少殺蟲劑使用，降低化學藥劑對生態環境的影響；其二，耐除草劑技術為免耕、少耕等保護型生產系統的推廣創造條件，進而減少水土流失；其三，資源高效利用技術可減少碳排放，節約水、肥料、農藥等生產資源，為應對全球氣候變化貢獻力量。
其中，耐除草劑轉基因技術的應用，讓免耕法（即無需翻地）等保護型耕作方式的大面積推廣成為可能，這是保護土壤與水資源的關鍵舉措。傳統耕作方式因反復翻耕，易破壞土壤結構、加劇水土流失，最終導致土壤退化；而保護型耕作方式通過減少土壤風蝕與水土流失，既能減緩土壤退化速度，又能降低化肥中氮、磷等營養成分向水體流失的風險，避免水體富營養化等環境問題。
據統計，目前全球轉基因作物每年可幫助人類減少約3000萬噸二氧化碳排放量。其減碳路徑主要分為兩類：第一種是直接減碳，通過簡化耕作流程（如減少翻地、除草等環節）降低農業生產過程中燃油的使用量，從而直接減少溫室氣體排放；第二種是間接減碳，通過推廣免耕等保護型耕作方式，增加土壤中的有機質含量，讓更多碳元素以有機質形式固定在土壤中，形成“土壤碳匯”，相當于通過生態方式實現“碳固定”，間接助力溫室氣體減排。
