我國對農業轉基因生物實行分級分階段安全評價管理制度。農業轉基因生物安全委員會負責農業轉基因生物安全評價工作。從分級上看，按照對人類、動植物、微生物和生態環境的危險程度，將農業轉基因生物安全等級分為Ⅰ至Ⅳ級，即尚不存在危險、具有低度危險、具有中度危險、具有高度危險。從分階段上看，安全評價按照實驗研究、中間試驗、環境釋放、生產性試驗和申請安全證書5個階段進行。研發人應當向本單位生物安全管理部門、相關政府監管部門報告，并提交書面申請和相關技術資料。管理部門組織專家依法開展技術審查并提出意見，反饋給申請人。監管部門定期開展監督檢查。擬申請環境釋放、生產性試驗和申請領取安全證書的單位，以及中外合作、合資或者外方獨資從事轉基因研究和試驗的單位，須按照安全評價指南的要求提交書面資料，經本單位農業轉基因生物安全小組審查和試驗所在的省（自治區、直轄市）農業行政主管部門審核后，向農業農村部行政審批辦公室提出行政許可申請。農業農村部組織安委會對其進行安全評審和審批，發放農業轉基因生物安全證書，并在農業農村部官方網站公布。申報單位在取得農業轉基因生物安全證書后，還要按照相關法律法規規定，辦理與生產應用相關的其他手續，如轉基因農作物要按照《種子法》的相關規定進行品種審定，取得種子生產、經營許可后，才能生產種植。