雜交育種是為了利用雜種優勢，比如馬和驢雜交的后代騾子，有馬的力氣和驢的耐力。在農業上，我們以雜交玉米為例，雜交玉米的種子第二年再次種植，由于雜種優勢的消失以及性狀分離，產量遠不如第一年而且抗病蟲害能力也會下降。
現在很多轉基因種子都是雜交品種。科學家一般將目的基因導入到一個特定的品種中，創造出新的種質資源，再通過雜交育種的手段，與其它品種進行雜交，盡可能地將多個品種的優良性狀集中到一個新的雜交材料里，這樣可以更好地培育出綜合性狀優良的種子。正是因為轉基因種子往往是雜交種子，利用了雜種優勢這一步，所以才不適合留種。
所以很多人說轉基因技術導致現在的種子不能留種其實是冤枉的，那是因為現在很多的商業種子本身就是雜交品種，不適合留種。但并不是所有的轉基因種子都不能留種，而是利用了雜交優勢的轉基因種子不適合留種。如果是將基因轉入到常規品種里得到的轉基因種子，當然就可以留種了。
