要保證芝麻種子的發芽率和食用品質，必須做到合理貯藏。芝麻種子貯藏的關鍵是控制濕度和溫度的變化。
芝麻種子貯藏的安全濕度一般為７％左右。濕度過高時，種子在貯藏過程中容易發熱，使種子內部的脂肪分解，引起霉菌寄生和蟲蝕。因此，種子入庫貯藏前必須做好以下幾項工作：一是清潔倉庫環境，進行消毒處理；二是將種子風干去雜，在陽光下曬后過篩，去除易吸濕返潮的雜質；三是貯藏地點必須通風干燥，下面用隔潮物墊底。采取囤藏的必須把芝麻種子堆平并覆蓋防潮物如麻布、防雨布等。
入庫后要經常檢查堆中的溫度變化，一般只要種子干燥且防潮措施較好，種子溫度變化不會太大。這是由于種子的呼吸作用會逐漸耗盡種子堆中的氧氣，使二氧化碳增多。種子的呼吸作用減弱后可以減少種子內部物質的消耗，同時可抑制好氣性霉菌的生長，保證種子的品質。冬季氣溫低，在貯藏過程中應打開倉庫進行通風，使種子溫度盡可能地降至最低。
