西瓜種子易受“蔓枯病”、“炭疽病”、“枯萎病”、“病毒病”的侵染，成為病害的傳染源。因此，在播種前進行種子滅菌消毒處理，可減少發病率。具體辦法如下：

　　曬種法　可殺滅附著在種子上的病菌，促進種子后熟，增強種子活力，提高發芽率。選擇晴天，將種子攤放在紙上或席上，厚度不超過1厘米，使其在陽光下曝曬，每兩小時翻動1次。

　　浸種法　把西瓜種子放入55℃的溫水中，不斷攪拌15分鐘，自然冷卻后浸種5小時。55℃為病菌致死溫度，可有效地預防西瓜花葉、病毒病。

　　藥劑消毒法。一是磷酸三鈉消毒法，用10%的磷酸三鈉溶液浸種半小時，撈出后用清水洗凈即可；二是多菌靈浸種消毒法，用50%可濕性多菌靈粉劑配制成500倍藥液，浸種1小時后洗凈，可防治炭疽病；三是漂白粉　消毒法，將種子放入配好的2%～4%的漂白粉溶液中，浸泡30分鐘后用清水洗凈，可殺死種子表面的細菌；四是代森銨消毒法，將50%代森銨水劑配成500倍液，將西瓜種放入浸泡1小時，用清水沖洗干凈即可；五是抗菌劑“401”浸種消毒法，將種子放入10%抗菌劑“401”配制的500倍藥液中浸半小時，即可殺死枯萎病、炭疽病菌。