菠菜種子是胞果，其果皮外層有一層薄壁組織，可通氣和吸收水分，而內層是木栓化的厚壁組織，通氣和透水困難。據試驗，除去果皮的菠菜種子較未去果皮的發芽率和發芽勢均有所提高。菠菜種子在高溫條件下發芽緩慢，發芽率較低，在25℃發芽率80%，發芽日數約4天；35℃發芽率僅20%，發芽日數8天。為此，夏秋播種時，要先進行種子處理。
破種處理在播種前將聚合在一起的種子搓散，除去種子上的刺，然后浸種催芽，有利于種子發芽，出苗又齊又快。比干種子直播早出苗3-5天。
低溫處理用涼水浸種12小時，放在4℃的冷庫或冰箱冷藏室里處理24小時，而后在20℃-25℃條件下催芽。也可將浸種后的種子吊在水并的水面上催芽。3-5天出芽后播種。
過氧化氫溶液處理過氧化氫浸種能有效去除菠菜種子表皮的膠質層，提高發芽率，使菠菜播種后出苗快且整齊。方法是將過氧化氫溶液按
1：4比例對水，經充分攪拌配制成20%-25%的過氧化氫水溶液。將配制好的過氧化氫水溶液盛于容器中，倒入種子時應邊倒邊用木棒攪拌，使種子都能均勻吸水；當氣溫低于20℃時，浸種時間需100-120分鐘，氣溫高于20℃、低于30℃時，浸種時間60-90分鐘，氣溫高于30℃以上時，浸種時間30-50分鐘即可；催芽浸種后將種子從過氧化氫水溶液中撈出，隨即用清水沖洗3-4次（邊沖邊濾水），濾水后盛于容器中用濕布巾覆蓋催芽；若種子成熟適度且飽滿，一般5-6天就有85%以上的種子發芽，播種后2-3天即可齊苗，比常規播種提前6-8天出苗。
