食用菌栽培周期短，尤其在出菇期使用多菌靈殺菌劑，藥劑極易殘留在子實體內，對人類健康不利。
注意均勻用藥。多菌靈拌入營養料時，要先將藥劑溶于一定量的水中，再逐漸拌入培養料中且要充分攪拌。另外，復方多菌靈能在防治農作物真菌病害時，顯著提高防效效果，但因對食用菌菌絲生長有抑制作用，不能用于食用菌培養料的消毒滅菌。
注意藥劑用量。用多菌靈拌料時，應嚴格控制藥液的濃度，用藥量應控制在0.05%~0.1%之間。這樣的濃度足以殺死和抑制其他雜菌，如果盲目加大用藥量，不僅增加成本，而且會影響菌絲生長，造成雜菌產生抗性。還會因在子實體內積累量增多而造成食用菌的污染，對人體健康不利。
注意防止雜菌產生抗藥性。在食用菌生產中長期使用多菌靈，容易使雜菌產生抗藥性，增加食用菌防病難度。因此，最好提倡聯合使用多種殺菌劑，如石硫合劑等，定期輪換以防止單獨使用多菌靈而產生的抗藥性。但需注意多菌靈不宜與甲基托布津輪換。另外，在食用菌中，木耳等對多菌靈極其敏感，應避免使用。
注意藥劑的抑菌現象。在使用多菌靈時，應適當提高培養料的pH值，以抑制毛霉、根霉的生長。多菌靈主要對酵母素、赤霉菌等子囊菌類及半知菌類引起的食用菌病害有滅菌防病作用。（曹立耘）
