注：根據全國種子管理培訓班（7月3日）資料整理
我國種子生產尤其是雜交種子生產，普遍存在異地制種的情形，企業生產的品種往往也會逐年更新，致使生產品種、地點極易發生頻繁變更。《許可辦法》設立副證的目的，主要就是簡化審批程序。
關于審核審批權限
農業部：核發E，F，G證
省級：核發A證和B證
受理、審核E，F，G證
縣級以上地方：受理、審核、核發C證和D證
受理、審核A證和B證
負責轄區內4主體備案工作
關于外資企業許可核發
新《種子法》第六十二條規定，國家建立種業國家安全審查機制；境外機構、個人投資、并購境內種子企業，或者與境內科研院所、種子企業開展技術合作，從事品種研發、種子生產經營的審批管理依照有關法律、行政法規的規定執行。
鑒于目前相關行政法規正在制定，經征詢全國人大法工委，法工委答復：在法規出臺前，農業部可按原做法執行。
因此，對于外商投資農作物種業的審批和管理，目前仍然按1997年《關于設立外商投資農作物種子企業審批和登記管理的規定》執行，即外商投資企業的種子經營許可證由省級農業部門審核、農業部核發；外商投資企業申請領取育繁推一體化種子生產經營許可證，應當先取得農業部核發的種子生產經營許可證（F證），再到企業所在省份申請領取育繁推一體化種子生產經營許可證（A證）。
關于轉基因棉花種子許可核發
轉基因棉花種子生產經營許可證，由企業所在地省級農業主管部門審核，農業部核發。
與其他種子生產經營許可證不同的是，轉基因棉花種子生產經營許可證在受理審核前，需征得種子生產所在地省級農業主管部門書面同意。同時，由于轉基因種子生產涉及轉基因安全問題，因此其副證變更不實行簡易程序，仍按原程序申請、受理、審核、核發。
關于鮮食爆裂玉米許可核發
《許可辦法》第三十五條規定：“申請領取鮮食、爆裂玉米的種子生產經營許可證的，按非主要農作物種子的許可條件辦理”。
由于鮮食、爆裂玉米屬主要農作物，因此申請領取領取鮮食、爆裂玉米的種子生產經營許可證的，除品種條件外，可按非主要農作物種子（D證）的許可條件辦理，生產經營的品種應當通過品種審定。
如果申請的鮮食、爆裂玉米屬于常規種的，應當具有1個以上審定品種,并按主要農作物常規種子（C證）核發許可證； 如果申請的鮮食、爆裂玉米屬于雜交種的，應當具有自育品種或作為第一選育人的審定品種1個以上，或者合作選育的審定品種2個以上，或者受讓品種權的品種3個以上，并按主要農作物雜交種子及其親本種子（B證）核發許可證。
關于非主要農作物種子許可核發
《種子法》第三十一條規定：“只從事非主要農作物種子和非主要林木種子生產的，不需要辦理種子生產經營許可證”。新《種子法》延續了原《種子法》對于非主要農作物可不申辦種子生產許可證的規定。
《許可辦法》第十三條規定：“從事主要農作物常規種子生產經營及非主要農作物種子經營的，其種子生產經營許可證由企業所在地縣級以上地方農業主管部門核發”。此條規定，并沒要求只從事非主要農作物種子生產的，辦理種子生產經營許可證。
同時，根據新《種子法》要求，種子生產許可證和種子經營許可證實行“兩證”合一，實質合并，不再按生產或經營單獨核發許可證，因此，凡是從事種子經營的，無論是主要農作物或是非主要農作物，都應當申辦種子生產經營許可證。
申辦非主要農作物種子生產經營許可證的，也應提交種子生產相應材料，并考慮到保護生產經營非主要農作物種子的商業秘密，辦法規定，副證將其種子生產地點標注至省級行政區域。
關于非籽粒種子許可核發
辦法第三十六條規定，生產經營無性繁殖的器官和組織、種苗、種薯以及不宜包裝的非籽粒種子的，應當具有相適應的設施、設備、品種及人員，具體辦法由省級農業主管部門制定，報農業部備案。
關于許可申請所需品種條件
與舊《辦法》相比，新辦法增加了“品種”要求，特別增加了育繁推一體化企業“育”的能力和條件。
我國品種管理涉及品種審定、品種登記、引種備案、品種保護等相關制度，品種保護主要是保護品種權人的合法權益，是“私權”保護的范疇；品種審定、品種登記和引種備案是品種市場準入的范疇。
從品種審定又引申出自育品種（品種審定證書上的選育單位只有一家）、第一選育人品種（品種審定證書上排名第一的選育單位）、合作選育品種（品種審定證書上有多家選育單位）。
新辦法在取消注冊資本、固定資產等許可條件的同時，增加了對種子企業“品種”的要求，符合我國種子企業的基本特征和現代種業的發展方向，在審核審批中必須嚴格執行。
申請C證（主要農作物常規種子）或D證（非主要農作物種子）：要求具有1個以上審定品種或登記品種，品種可以是自育、合作選育也可以是獨家轉讓品種。
申請B證（主要農作物雜交種子及其親本種子）：要求具有自育品種或作為第一選育人的審定品種1個以上，或者合作選育的審定品種2個以上，或者受讓品種權的品種3個以上。
申請A證（育繁推一體化）：品種可以為第一育種者的合作選育品種，比舊辦法獨家自育的要求有較大幅度放寬，目的是推動科企合作。
主要農作物常規種子（C證）或非主要農作物種子的生產經營許可（D證）
《許可辦法》第七條規定：“生產經營主要農作物常規種子的，生產經營的品種應當通過審定，并具有1個以上與申請作物類別相應的審定品種；生產經營登記作物種子的，應當具有1個以上的登記品種”。這里大家需要注意，此條并沒有要求“自育”或“受讓品種權”
鑒于我國主要農作物常規品種和非主要農作物品種尚未完全保護，當前業界普遍認可品種選育單位，因此，申辦許可證的種子企業，或者為品種選育人，或者與品種選育單位簽訂獨家生產經營協議，無論該品種是否保護，均可認為符合該類型種子生產經營許可證的品種條件 Ø非主要農作物品種登記辦法已經出臺實施,因此申請生產經營登記作物種子的，應當具有1個以上的登記品種。
主要農作物雜交種子及其親本種子（B證）
《許可辦法》第八條規定：“生產經營的品種應當通過審定，并具有自育品種或作為第一選育人的審定品種1個以上，或者合作選育的審定品種2個以上，或者受讓品種權的品種3個以上”。
此條規定明確列出了品種條件的3種情形，為并列關系，只要符合其中1項情形即可。
關于“受讓品種權的品種”，此品種必須是已經并正在有效保護的品種，也必須通過審定，申辦許可證的種子企業必須與品種權單位簽訂獨家轉讓協議，可不要求變更品種權保護證書。
育繁推一體化許可條件
《許可辦法》第九條規定，申請領取實行選育生產經營相結合、有效區域為全國的種子生產經營許可證的企業,應當具備11項條件，重點包括下面9大項：
(一) 基本設施。具有辦公場所500平方米以上，冷藏庫200平方米以上。生產經營主要農作物種子或馬鈴薯種薯的，具有檢驗室300平方米以上；生產經營其他農作物種子的，具有檢驗室200平方米以上。生產經營雜交玉米、雜交稻、小麥種子或馬鈴薯種薯的，具有加工廠房1000平方米以上、倉庫2000平方米以上；生產經營棉花、大豆種子的，具有加工廠房500平方米以上、倉庫500平方米以上；生產經營其他農作物種子的，具有加工廠房200平方米以上、倉庫500平方米以上。
（二）育種機構及測試網絡。具有專門的育種機構和相應的育種材料，建有完整的科研育種檔案。生產經營雜交玉米、雜交稻種子的，在全國不同生態區有測試點30個以上和相應的播種、收獲、考種設施設備；生產經營其他農作物種子的，在全國不同生態區有測試點10個以上和相應的播種、收獲、考種設施設備。
（三）育種基地。具有自有或租用（租期不少于5年）的科研育種基地。生產經營雜交玉米、雜交稻種子的，具有分布在不同生態區的育種基地5處以上、總面積200畝以上；生產經營其他農作物種子的，具有分布在不同生態區的育種基地3處以上、總面積100畝以上。
(四）科研投入。在申請之日前3年內，年均科研投入不低于年種子銷售收入的5%，同時，生產經營雜交玉米種子的，年均科研投入不低于1500萬元；生產經營雜交稻種子的，年均科研投入不低于800萬元；生產經營其他種子的，年均科研投入不低于300萬元。
（五）品種。生產經營主要農作物種子的，生產經營的品種應當通過審定，并具有相應作物的作為第一育種者的國家級審定品種3個以上，或者省級審定品種6個以上（至少包含3個省份審定通過），或者國家級審定品種2個和省級審定品種3個以上，或者國家級審定品種1個和省級審定品種5個以上。生產經營雜交稻種子同時生產經營常規稻種子的，除具有雜交稻要求的品種條件外，還應當具有常規稻的作為第一育種者的國家級審定品種1個以上或者省級審定品種3個以上。生產經營非主要農作物種子的，應當具有相應作物的以本企業名義單獨申請獲得植物新品種權的品種5個以上。生產經營授權品種種子的，應當征得品種權人的書面同意。
（六）生產規模。生產經營雜交玉米種子的，近3年年均種子生產面積2萬畝以上；生產經營雜交稻種子的，近3年年均種子生產面積1萬畝以上；生產經營其他農作物種子的，近3年年均種子生產的數量不低于該類作物100萬畝的大田用種量。
（七）種子經營。具有健全的銷售網絡和售后服務體系。生產經營雜交玉米種子的，在申請之日前3年內至少有1年，雜交玉米種子銷售額2億元以上或占該類種子全國市場份額的1%以上；生產經營雜交稻種子的，在申請之日前3年內至少有1年，雜交稻種子銷售額1.2億元以上或占該類種子全國市場份額的1%以上；生產經營蔬菜種子的，在申請之日前3年內至少有1年，蔬菜種子銷售額8000萬元以上或占該類種子全國市場份額的1%以上；生產經營其他農作物種子的，在申請之日前3年內至少有1年，其種子銷售額占該類種子全國市場份額的1%以上。
（八）種子加工。具有種子加工成套設備，生產經營雜交玉米、小麥種子的，總加工能力20噸/小時以上；生產經營雜交稻種子的，總加工能力10噸/小時以上（含窩眼清選設備）；生產經營大豆種子的，總加工能力5噸/小時以上；生產經營其他農作物種子的，總加工能力1噸/小時以上。生產經營雜交玉米、雜交稻、小麥種子的，還應當具有相應的干燥設備；
（九）人員。生產經營雜交玉米、雜交稻種子的，具有本科以上學歷或中級以上職稱的專業育種人員10人以上；生產經營其他農作物種子的，具有本科以上學歷或中級以上職稱的專業育種人員6人以上。生產經營主要農作物種子的，具有專職的種子生產、加工貯藏和檢驗專業技術人員各5名以上；生產經營非主要農作物種子的，具有專職的種子生產、加工貯藏和檢驗專業技術人員各3名以上。
育繁推一體化許可申請材料
《許可辦法》第十二條規定，申請領取選育生產經營相結合、有效區域為全國的種子生產經營許可證，除提交本辦法第十一條所規定的材料外，還應當提交6方面材料：
（一）自有科研育種基地證明或租用科研育種基地的合同復印件。
（二）品種試驗測試網絡和測試點情況說明，以及相應的播種、收獲、烘干等設備設施的自有產權證明復印件及實景照片。
（三）育種機構、科研投入及育種材料、科研活動等情況說明和證明材料，育種人員基本情況及其企業繳納的社保證明復印件。
（四）近三年種子生產地點、面積和基地聯系人等情況說明和證明材料。
（五）種子經營量、經營額及其市場份額的情況說明和證明材料。
（六）銷售網絡和售后服務體系的建設情況。
育繁推一體化許可核發程序
根據《種子法》和《許可辦法》規定，育繁推一體化許可證的審核機關由省級農業主管部門調整為縣級農業主管部門，核發機關由農業部調整為省級農業主管部門。
同時，考慮到其許可證全國有效，在許可核發前要求在中國種業信息網統一公示，公示期為5個工作日。
公示期間，可向核發機關直接反映，也可向農業部種子管理局反映，公示內容包括企業名稱、住所、法定代表人、生產經營范圍等。
