1.采用無病種子。無病田繁種，從健康植株的健康果實上采種。從苗期開始發現病株應立即帶土摘除，移至田外燒毀。
2.選用抗病品種。試驗證明品種間感病程度差異較大，在發病較重的地區應換掉原來的感病品種，改種抗病品種，如三倍體較二倍體抗病.皮色深綠的比淺的抗病。新紅寶品種感病程度較高。
3.種子處理。方法是采種后種子與果汁、果肉一起發酵24～48小時，然后將種子放入1%的鹽酸中浸泡5分鐘（或用1%的次氯酸鈣浸泡15分鐘）后，立即用清水洗凈、風干。此法能殺死種子上的病菌。在播種前，用1%鹽酸浸種20分鐘后，再用清水沖洗20分鐘，然后風干、播種。
4.輪作倒茬。是防治許多病蟲害簡單而有效的措施，輪作年限越長防效越好。
5.加強管理。實行秋季深翻地，將病殘體、野生寄主及病菌等翻入土壤深處或破壞其生存環境，以降低菌源數量，減少侵染機會。設置通氣道，種植有網紋的厚皮甜瓜，定植前，在定植穴行的正下方挖一條寬30厘米、深40厘米的溝，溝底鋪15～20厘米厚的稻草，覆土，增加根部透氣性，提高植株抗病能力。整地時清除田間病株、病果、雜草及野生寄主植物體，尤其是葫蘆科雜草。消毒農具，殺滅病菌。采用滴灌或軟管等管式灌溉，避免噴灌、頂灌等方式，以減少病菌傳播。
6.藥劑防治。田間出現病害，可用抗生素進行噴霧防治。抗生素可選用農用鏈霉素、四環素等藥劑，在發病初期噴灑，根據天氣及發病情況每7～10天噴1次藥。
