番茄的種子表面和內部若帶有番茄早疫病、病毒病等病菌，帶菌的種子會傳染給幼苗和成株，從而導致病害的發生，因此，在育苗前要進行種子消毒處理。番茄育苗時常用的消毒方法有熱水浸種和藥劑消毒兩種：
（1）熱水浸種
熱水浸種先將種子于涼水中浸10分鐘，撈出后于50℃水中不斷攪動，隨時補充熱水使水溫穩定保持50-52℃，時間15-30分鐘。將種子撈出放入涼水中散去余熱，然后浸泡4-5小時。
（2）藥劑消毒
藥劑消毒有：磷酸三鈉浸種，將種子先浸在涼水中4-5小時，撈出后放入10%的磷酸三鈉溶液中浸泡20-30分鐘，撈出用清水沖洗干凈，主要預防病毒病；福爾馬林浸種，將浸在涼水中4-5小時的種子，放入1%的福爾馬林溶液中浸泡15-20分鐘，撈出用濕紗布包好，放入密閉容器中悶2-3小時，然后取出種子反復用清水沖洗干凈，主要預防早疫病；高錳酸鉀處理，用40℃溫水浸泡3-4小時，放入1%高錳酸鉀溶液中浸泡10-15分鐘，撈出用清水沖洗干凈，隨后進行催芽發種，可減輕潰瘍及花葉病的危害。
