近日，中國農業科學院蔬菜花卉研究所蔬菜分子設計育種創新團隊和茄科蔬菜育種創新團隊，構建了野生和栽培辣椒高質量基因組，解析了辣椒的染色體核型、基因表達調控元件等的演化特征，發現了轉座子驅動的結構變異和高頻漸滲事件對辣椒重要性狀形成的貢獻。相關研究成果以封面論文的形式發表在《自然植物（Nature Plants）》上。
辣椒屬包括5個栽培種和眾多野生種，遺傳多樣性豐富，但演化路線尚不明確。該研究完成了11個辣椒基因組的高質量組裝，2個基因組達到端粒無間隙水平。通過系統發育分析明確了辣椒屬物種的演化關系，重建了辣椒屬具有12對染色體的祖先核型。研究發現，不同辣椒基因組中轉座子爆發事件的差異，不僅導致了大量的結構變異，促進了果實朝向、顏色等性狀的多樣性，還顯著影響了調控元件的動態變化模式，為理解辣椒的基因表達調控變化提供了新視角。另外，研究還基于辣椒核心種質的深度重測序，構建了辣椒群體的單體型圖譜，發現了辣味、病毒抗性等性狀相關單體型片段的漸滲和分化。
該研究得到了國家自然科學基金、國家重點研發計劃、中國農業科學院科技創新工程等項目的支持。(通訊員 陳旭)
原文鏈接：//www.nature.com/articles/s41477-025-01905-1
