水稻泛NLRs家族基因的共線性位點（左）；基于全基因組SNPs的水稻系統發生樹（右）。中國農科院供圖
近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所與國內多家高校、科研單位合作，組裝了251份高質量的水稻基因組，構建了目前植物中群體規模最大、基因組充分注釋、稻屬中最為系統的超級泛基因組。該圖譜的完成將極大地促進水稻功能基因挖掘和水稻種質資源利用。相關成果發表于《細胞研究》（Cell Research）。
該研究通過地理分布來源、基因型和表型變異，精心選擇了具有高度代表性的202份亞洲栽培稻核心種質材料、28份普通野生稻、11份非洲栽培稻和10份短舌野生稻進行測序組裝。為準確比較等位基因在不同水稻材料中的遺傳變異，研究人員還利用高質量的群體基因組構建了基于基因組序列比對的泛基因組圖譜，并對每個變異位點進行基因注釋和序列整合。該圖譜囊括了目前最全面的水稻基因序列的復等位信息，為水稻比較基因組學和進化基因組學研究提供了重要基礎。
為高效方便利用這些海量的基因組數據，研究人員還構建了數據庫RiceSuperPIRdb（//www.ricesuperpir.com/）。通過數據檢索，可以高效地獲得特定水稻品種基因組序列及基因組注釋，還可以選擇任意樣本基因組為參考基因組，查看與所有材料的全基因組比對結果和基因組變異。該數據庫對水稻基因功能研究和種質資源利用具有重要的科學意義和實用價值。
該研究獲得國家自然科學基金、國家重點研發計劃等項目的資助。
相關論文信息：//www.nature.com/articles/s41422-022-00685-z
