辣椒根腐病病菌以菌絲體和厚垣孢子在發病組織或遺落土中的病殘體上越冬，病菌的厚垣孢子可在土中存活5～6年甚至更長。 翌年產生分生孢子，借雨水濺射傳播，從傷口侵入致病，發病部位不斷產生分生孢子進行再侵染。 　
　
     癥狀：辣椒根腐病有多種表現癥狀，但通常病部僅局限于根部和莖基部。植株發育不良，較矮小。后期病株白天萎蔫，傍晚至次日清晨尚可恢復，反復多日后植株枯死。病株莖基部及根部皮層變為褐色至深褐色，呈濕腐狀。　　

    防治方法 

    農業措施 ：　　

    1、選用抗病品種；　　

    2、施用充分腐熟的有機肥，采用配方施肥技術。　
　
    3、與豆科、禾本科作物進行3～5年輪作。　　

    4、選用無病種子，從無病果實上采種。如種子帶菌，應對種子進行處理。　
　
     5、采取高畦（壟）栽培。避免大水漫灌，雨后及時排水，防止田間積水。灌水和雨后及時中耕松土，增強土壤通透性，促進根部傷口愈合和根系發育。 

    藥劑防治： 發病初期噴灑或澆灌50％甲基硫菌靈·硫磺懸乳劑800倍液，或50％根腐靈可濕性粉劑800倍液，或50％殺菌王水溶性粉劑1000倍液，或50％多菌靈可濕性粉劑500倍液，或50％地靈可濕性粉劑800倍液，或50％甲基托布津可濕性粉劑500倍液，或10％雙效靈水劑200～300倍液，或75％敵克松可濕性粉劑800倍液，或40％混殺硫膠懸劑500倍液，每　667平方米　噴藥液　50升　，隔10天左右1次，連續2～3次。采果前3天停止用藥。