公司是甘肅省農業產業化龍頭企業，依托西北區位優勢，主要經營種子、棉花、蔬菜的生產、加工與銷售，其制種面積在國內位居前列。公司的種子業務涵蓋預約生產、自主知識產權品種、合資公司三種運營模式，未來主要看點在吉祥一號與先玉335。
公司積極轉向自主知識產權品種，其中2011年購買的吉祥一號值得關注。比照鄭單958與北京德農，一旦吉祥一號通過國審，有望高速推廣，中原證券預測2012-2014年推廣面積為200萬畝、500萬畝、1000萬畝。合資公司敦煌先鋒仍以先玉335為主打品種，估計品種未來在北方春播區推廣面積可達5000萬畝，相對2011年仍有50%的提升空間，中原證券預測2012-2013年制種面積為13萬畝、15萬畝。但由于成本因素，導致毛利率出現下滑。
棉花業務與食品加工業務是敦煌種業[19.92 1.27% 股吧 研報]另兩項主營業務。其中，棉花業務波動性較大，影響公司整體業績。食品加工業務未來產能逐步釋放，將成為新的盈利增長點。
中原證券預計公司2011-2013年營業收入分別為18.69億元、22.07億元、26.39億元，預測EPS分別為0.21元、0.75元、1.20元，考慮公司種業處于轉型期，未來發展步伐較快，給予公司2012年25倍-30倍PE和“增持”投資評級。
