畸形果是種植甜椒過程中發生較多的問題之一，主要表現為果實生長不正常，長得像柿餅或蟠桃，或果實扁圓形或無規則形狀，里面幾乎無種子或種子發育不良。
畸形果是一種生理病害，主要是由于甜椒在花芽分化或開花時遇上了惡劣的天氣條件，如溫度過高或過低，甜椒的花芽分化不良，或甜椒的花受精不良，或者本來就沒有發育完全引起的。一般來說，越冬種植的甜椒，如果種植過早，秋季坐不住果的情況較多。
防治：1.注意溫度控制：秋季在甜椒開花坐果時，溫度不宜過高，如果大棚內的溫度超過35℃：或者是32℃連續2小時以上，甜椒就會出現授粉或受精不良的情況。春節前后要注意避免大棚內的氣溫及地溫過低，影響甜椒坐果，沖施沃達豐菌物生態復合肥及豐產寶等生物肥，可促進甜椒正常坐果。
2.注意補肥。甜椒缺乏硼、鈣等元素會導致畸形果，要經常注意噴灑含有硼、鈣等元素的葉面肥或營養平衡劑，如葉面噴灑綠芬威3號以及硼酸或硼砂等。減少氮肥的施用量，增加鉀肥，如磷酸二氫鉀、硫酸鉀等的施用量，及時噴灑甲殼豐或海力等營養平衡劑，有利于坐果。注意控制植株長勢：植株生長過旺，出現畸形果的幾率會增大，可通過噴灑生長調節劑或進行整枝、打杈等保證甜椒果實的正常生長。如果甜椒坐不住果，可能會導致植株生長過旺，可噴灑助壯素以及通過溫度調控來保證植株的正常長勢，以利于果實生長。
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