2006年11月，中共重慶市委組織部、重慶市人事局《關于印發（重慶市事業單位參照公務員管理工作實施意見）的通知》（渝組發（2006）17號）下發后，全市具有法律法規授權的公共事務管理職能的事業單位紛紛申請要求列入參照《中華人民共和國公務法》管理范圍（以下簡稱參照管理）。實行參照管理是國家實施公務員法和推進事業單位改革的重要組成部分，是強化具有公共事務管理職能的事業單位穩定機構 、提高人員素質、切履行職能的有效措施。
    2000年，《中華人民共和國種子法》頒布實施后，農作物種子管理體制進行了深刻變革，種子管理與種子生產經營徹底分設，分設后的種子管理機構的主要職責就是依法進行行政管理。目前，我市共有種子管理機構37個（含市級），人員586人，其中具有高級職稱的93人，中級職稱的133人，初級職稱62人，管理人員60人，工人99人，離退休人員139人。種子管理機構中執法持證人員148人。依據種子法和國務院辦公廳2006年40號文件規定，全市種子管理機構承擔的主要職能職責是：1、品種管理：通過新品種展示示范和審后品種的追蹤調查，為主導品種推薦和品種退出提供依據。2、質量管理：受農業行政主管部門委托依法監管種子質量，受理和組織實施種子質量糾紛田間現場鑒定。3、種子生產管理：監督種子生產質量、備案種子企業種子生產地點和品種。4、許可管理；對申請核發種子生產經營許證的企業進行初步審查，對個體經營者在領取工商執照后進行備案。5、市場檢查：對種子包裝標簽、品種是否審定、經營檔案等進行檢查。6、行政處罰：部分區縣種子管理機構具有行政處罰職能。7、良種補貼：承擔落實國家良種推廣補貼工作。
    近年來，全市種子管理機構充分發揮職能職責，勤奮工作，在提高種子質量水平，加快良種更新換代步伐，保證農業生產安全，維護種子生產經營者和使用者合法權益等方面做出了重要貢獻，促進了種子產業的健康發展，提高了良種對農業生產的貢獻率，穩定了全市糧食總產量。但是應該清楚的看到，當前，困擾區縣種子管理機構最嚴重的問題之一是經費欠缺，沒有項目和專項經費，工作經費普遍嚴重不足，人員難以穩定，工作不能有效展開，一些地方在機構改革過程中合并、甚至撤銷了種子管理機構。這些做法是與種子法和國辦2006年40號文件精神不符合的，這是對種子管理工作的削弱，它將對農業生產帶來不可估計的影響。在全市種子管理體系十分艱難的情況下，市種子管理站積極向主管部門申請列入參照管理。根據渝組（2006）17號文件規定的事業單位參照管理應具備法律法規授權的公共事務職能和財政全額撥款的兩個條件，全市種子管理體系是具備參照管理條件的。在領導和有關部門的支持下，經過艱苦努力，2009年5月9日，重慶市人力資源和社會保障局向重慶市農委印發了《關于重慶市種子管理站列入實施參照公務員管理范圍的通知》（渝人社發（2009）29號）。市種子管理站成功列入參照管理，為全市種子管理體系解決機構人員不穩定和經費不足打開了一個突破口，各地要加深認識，統一思想，爭取領導和有關部門支持，積極推進參照管理工作，穩定人員機構，轉變職能，切實履行工作職責，為種子管理工作做出新貢獻。