除雙孢菇、雞腿菇等必須采用發酵料栽培外，平菇、姬菇等也有應用發酵料栽培的。多年的生產實踐表明：發酵料栽培中的問題之一就是基料發酵不均勻、熟化度不一、含水率不一，甚至出現厭氧發酵現象。因此，基料翻堆時要內外均勻、上下均勻，根據發酵溫度和天氣狀況，每次翻堆應適當補水；雙孢菇基料的二次發酵，一定要達到溫度要求，并保持規定的時間，否則，極有可能導致栽培失敗。

　　氣溫尚高，注意蟲害

　　大多數地區從3月至10月底，菇蚊菇蠅類害蟲基數一直較大，尤其是菇蠅，基料拌料或發酵期間，它們趨味而來，在基料附近產卵，使得生料栽培時帶卵接種，發酵料栽培時活蟲進袋，發菌期間便會形成危害，導致“退菌”（開始階段菌絲濃密，而后菌絲越來越少）。因此，拌料前先清理周邊環境，噴灑敵敵畏與多菌靈800倍混合液1次；拌料或裝袋期間，若有菇蚊菇蠅類害蟲，則噴灑菊酯類藥物1000倍液驅殺，并盡快完成接種。發酵料則在最后一次翻堆前用辛硫磷800倍液噴灑，以防害蟲在基料附近產卵，或殺死已孵化的幼蟲，接種前再噴灑菊酯類藥物1000倍液驅殺。

　　濕度較大，注意防雜

　　秋季栽培食用菌，空氣相對濕度及地面水分均較大，如在大棚發菌，遇有高溫或通風不好，發生污染的幾率相當大。污染主要是常見的木霉、曲霉、毛霉等，熟料栽培時，鏈孢霉則是“頭號殺手”，一旦形成蔓延，將導致栽培失敗。因此，發菌棚啟用前要嚴格消毒殺菌，清理干凈后，噴灑百病傻、賽百09等藥物，然后揭開草苫曬棚，使藥物充分發揮作用，2天后覆蓋草苫，在地面撒一層石灰粉，之后即可將接種后的菌袋移入，進入發菌期。發菌期間，每3~5天噴灑百病去無蹤等藥物1次預防雜菌污染。

　　嚴格控制，注意剔雜

　　發菌期間，嚴格進行剔雜，一旦發生污染，立即將污染菌袋移到棚外，用藥處理，以防蔓延。

　　長速較快，注意采早

　　秋季氣溫很適宜出菇，子實體生長較快，每天都要補充肥水，促使菌蓋加厚，提高商品價值。由于子實體長速較快，因此應及時采收，原則是采早不采晚，寧可因采早而降低產量，也不能因采晚而使之老化。老化菇不但食用口感差，而且浪費大量基料營養，并且雞腿菇等品種，一旦采晚，便會開傘自溶，喪失商品價值。（曹德賓）