有效防治番茄早疫病的方法，第一種是實行輪作，與非茄科蔬菜實行3年以上的輪作。第二種是栽培措施防病，注意通風，降低溫度；增施磷肥、鉀肥，提高抗病能力；發現病葉、病果及時帶出田外，深埋或燒毀。第三種是藥劑防病，可選用5%的百菌清粉塵劑、異菌脲粉塵劑，或15%的速克靈煙劑，每1000平方米用藥3至5千克；也可用58%甲霜靈錳鋅可濕性粉劑500倍液，或47%春雷氧氯銅可濕性粉劑800至1000倍液，或50%異菌脲可濕性粉劑800至1000倍液，每隔7天噴藥1次，連續用藥2至3次。