棉花枯萎病、黃萎病在防治上應采用保護無病區，消滅零星病區，控制輕病區，改造重病區的策略，貫徹以“預防為主，綜合防治”的方針，有效地控制病害的危害。
（一）保護無病區
1實現嚴格檢疫制度，杜絕病害從各種途徑傳入。
包括嚴格禁止從病區調種，不從病區調運棉籽餅（冷榨）。在此項措施中，特別注意做產地檢疫，確保種子不帶菌。
2 選用無病種子并進行種子消毒。
濃硫酸脫絨，抗菌劑“402”2000倍熱液悶浸，用0.3%多菌靈膠懸劑浸種10-14小時，即可達到完全消毒。包衣種子由于包衣劑中含有多種殺菌藥劑及農藥，也可有效的殺死病源菌，預防病害大發生。
（二）消滅零星病區
新發病區應先在發病盛期普查，插桿標記，于收獲后或生長季節進行土壤消毒處理。
方法是：單株病點一米見方四周培土，用50%的棉隆可濕性粉劑140克加水45公斤稀釋后澆灌，藥劑滲下后再蓋一層表土。結合灌溉可摻入高錳酸鉀等藥劑，對殺滅病菌有一定的效果
注意問題：對病株要拔除燒掉。
（三）控制輕病區
（病株率在5%以下，并有多個小發病中心，平均每畝不超過200株）輕病區應以輪作為主，采用棉花與禾本科作物輪作3-4年（也可與其它經濟作物輪作）。都可以有效壓低土壤菌源，起到防病效果。尤其提倡水稻輪作，防病效果明顯。在輪作基礎上，同時采用抗病良種，施凈肥，清除病殘株等措施，不使病原菌擴展蔓延。
（四）改造重病區
重病區發病點多，較普遍。應采用種植抗病品種為主的措施。
1 種植抗病品種
選用抗病品種是防病奪(duo)高(gao)產的根本途徑。中植棉2號、農大156、冀豐106、冀雜566、冀1286等抗性比較好
2、加強田間管理
加(jia)強(qiang)田間管理目(mu)的有兩個，即減少病(bing)(bing)菌傳播(bo)(bo)和提(ti)高(gao)植株(zhu)抗性。具體(ti)(ti)做法：一是(shi)(shi)冬閑(xian)時(shi)(shi)期(qi)及時(shi)(shi)清除棉(mian)(mian)花(hua)地(di)的棉(mian)(mian)柴、雜草及地(di)面的剩余棉(mian)(mian)花(hua)殘(can)枝(zhi)葉(xie)，防(fang)止病(bing)(bing)菌傳播(bo)(bo)；二是(shi)(shi)秋(qiu)耕深翻，把(ba)表層病(bing)(bing)菌翻到(dao)深層，病(bing)(bing)殘(can)體(ti)(ti)深埋地(di)下，發(fa)酵分解(jie)，減輕(qing)發(fa)病(bing)(bing)。三是(shi)(shi)加(jia)強(qiang)中耕，提(ti)高(gao)土壤通(tong)透性，尤(you)其(qi)雨后及時(shi)(shi)中耕松土，散墑(di)降濕，可降低病(bing)(bing)害發(fa)生。四是(shi)(shi)科學(xue)施(shi)(shi)(shi)肥，增施(shi)(shi)(shi)有機肥，實行氮磷鉀配方施(shi)(shi)(shi)肥，增強(qiang)棉(mian)(mian)花(hua)抗病(bing)(bing)能力(li)，減輕(qing)危害。同時(shi)(shi)根據(ju)棉(mian)(mian)花(hua)長勢，進行葉(xie)面噴肥，尤(you)其(qi)避免后期(qi)出現(xian)脫肥現(xian)象；五(wu)是(shi)(shi)合理密(mi)植，嚴格(ge)防(fang)止棉(mian)(mian)株(zhu)過(guo)密(mi)，影響通(tong)風透光，并及時(shi)(shi)整枝(zhi)、化(hua)控，提(ti)高(gao)棉(mian)(mian)株(zhu)抗逆性；六是(shi)(shi)拔除病(bing)(bing)株(zhu)清除病(bing)(bing)殘(can)對(dui)病(bing)(bing)株(zhu)殘(can)體(ti)(ti)，帶到(dao)田外(wai)燒掉(diao)，不要作積肥材料(liao)。
3 藥劑防治
枯萎病的高發期是在棉花現蕾前后，一般在6月中下旬，若此時降雨量大，有利于枯萎病的大面積流行，因此在6月上旬就應該用藥防治。黃萎病的高發期是在棉花花鈴期，一般在7月下旬至8月上旬，因此在7月中旬(若之前有大雨，雨后應立即進行防治)就應該用藥防治。一般藥劑有多菌靈、甲基托布津、克黃枯、枯黃基因素、棉花三清等，并加營養調節劑如：磷酸二氫鉀、硼鋅肥、天豐素、魚蛋白等，每次噴藥間隔5-7天，連噴2-3遍，可有效預防兩種病害的發生流行。重病地塊用菌絕灌根或用12.5%速效治萎靈兌水50倍，穴施，苗期或發病初期灌根。
