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根系地下觀測室法通過建立大型地下根系觀測箱實現，透過玻璃可以觀測到部分棉花根系的真實生長狀況。方法的優點是可以在不破壞根系的情況下連續觀測根系的生長情況，易于對根系進行形態學方面的研究。缺點是投入太大不易普及；根生長遇到玻璃后可能會發生形態和方向的改變，從而不再能觀察到真實的生長狀況。根鉆法是棉花根系研究中常用的方法，利用人或機械的力量驅動根鉆，從土壤中取出等體積含根的土柱。
該方法的優點是取樣迅速，適用于大樣本試驗，并且對處理內其他植株的影響較小。缺點是對非均勻分布的根系研究時，由于取樣點的誤差會給整個試驗結果帶來較大的誤差挖掘法在棉花根系研究中可分為整體挖掘法和雙向切片法，前者即對含有根系的土壤整體挖掘，后者則是將土壤分割成一定體積的土塊依次挖出，進而對棉花根系進行整體或部分的研究。
根系分析系統的優點是簡單、易操作，缺點是工作量大，不能對根系進行連續觀察。不同的灌溉方式使根系產生了多種變化，膜下滴灌小滴頭流量下，棉花根系緊緊圍繞滴管口附近，分布范圍窄而深，根系結構緊湊；而大滴頭流量下土壤含水量較高，棉花根系分布范圍寬而淺，根系結構松散。
不同灌溉方式的棉花根系主側根生長分布不同，在土壤中形成的二維平面幾何圖形也有較大差別，常規溝灌呈“垂直斷面傘型”或“扇型”，膜下滴灌根系朝滴灌帶和膜內側密集，呈極不對稱構型，膜下滲灌則呈“馬尾型”。根系分區灌溉是常規灌溉思路的新突破，可實現棉花大田的節水灌溉，且分區交替灌溉的棉花根系干重顯著高于分區固定灌溉。
根系分析系統 //www.tpny17.com/
現代根系分析系統的應用 //www.tpny17.com/service/detail_218.html
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