棉花黃萎病是一種維管束系統侵染的病害，土壤中的病菌，從棉花根系的根毛或傷口侵入，穿過表皮細胞，進入到維管束，在維管束內產生大量孢子，堵塞養分輸送的通道，并產生毒素，造成棉株葉片變黃，萎蔫，甚至死亡。
目前，棉花即將進入花鈴期，也是黃萎病發病高峰期。該病適宜發病的溫度是25～28℃，低于25℃和高于30℃均不利于發病，發病輕重與濕度有密切關系。即多雨年份或適溫高濕條件利于發病。長期連作的棉田，管理粗放的或者地勢低洼，排水不暢的棉田發生較重。
防治措施可分農業防治和化學防治：
農業措施：
1、選用抗性和耐性較好的品種，根據觀察發現，生長勢旺的、坐桃不集中的對黃萎病抗性較好。
3、平衡施肥，增施有機肥，增加鉀肥，可提高棉花植株生長勢，增強抗病能力。
4、清潔棉田，把帶病棉稈、枯枝落葉徹底清除，集中燒毀，不能用以漚肥，以防糞肥傳病。
化學防治：
1、對非包衣種子應用硫酸脫絨和藥劑消毒處理。①硫酸脫絨：將1kg粗硫酸加熱到110～120℃，倒入裝有10kg棉籽的陶瓷缸或瓦盆內，邊倒邊用木棍攪拌約10min，至棉籽外的短絨脫凈，變黑發亮，隨即將棉籽移入清水中沖洗到水色不顯黃，水味不顯酸，再將棉籽撈出晾干播種。②多菌靈浸種：用多菌靈膠懸劑0.3%～0.4%溶液，在常溫下浸棉種12～14ｈ，能消滅種子內外的病菌，還能減輕苗期病害。
2、棉田發現病株應立即拔除，連同地面的病枝、落葉一并清除，攜出田外燒毀。拔除病株后，對病土進行藥劑處理。可用多菌靈等處理土壤。
3、發病初期，可采用灌根+葉面噴肥的辦法，對輕病株及早用70%甲基托布津500～1500倍液，或用多菌靈1000倍液灌根，可獲 70%的防治效果，對促進病株恢復健壯，均有明顯作用。葉面噴灑0.3%磷酸二氫鉀或1%～1.5%尿素溶液，可增強植株抗逆性，減輕危害。
