臺灣正宗紅心西瓜番石榴果實品質的優劣與施肥密切相關，主要施用有機肥的果實與主要施用化肥的果實在口感上存在明顯差別。因此，在施肥上應有機肥與化肥合理配搭使用。臺灣正宗紅心西瓜番石榴苗定植第1年，每株施三元復合肥（氮、磷、鉀含量均為15%）2千克、豆麩1千克（或肥量相當的雞糞、豬糞等有機肥）、硫酸鉀0.2千克、貝殼灰0.5千克；定植第2年按上一年的施肥量增加1倍；定植第3年不再增加施肥量，或可根據樹勢、產量增加施肥量。 幼齡樹施：追肥以勤施薄施為原則，一般每培養1次新梢施肥2次，于新梢萌芽及新梢長40厘米時各施肥1次，以氮為主，每株施腐熟的糞水或麩水加0.3%尿素液肥2.5-5.0千克，或施尿素25克加鉀肥50克。 結果樹施肥：①促梢壯花肥每次剪梢促花后，施三元復合肥（氮、磷、鉀含量均為15%），占全年施肥量30%，石灰粉1千克；②保果肥、壯果肥果實生長期，施三元復合肥加硫酸鉀，占金年施肥量30%；③采果期肥采果前，施腐熟的禽畜糞肥、農家肥或花生麩，占全年施肥量40%，此時停施化肥；④葉面肥在新梢轉綠期、花蕾期、幼果發育期各噴1-2次0.5%硫酸鎂、0.1%硼酸或0.2%硼砂溶液，間隔期7-10天，或根據元素缺乏情況根外追肥。雨季注意排水，旱季注意灌水，冬季果園深溝蓄淺水，入冬后畦面可覆蓋地膜保溫保墑。