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根系分析系統也叫根系分析儀，GXY-A根系分析儀可以自動測量各直徑段長度、投影面積、表面積、體積等，及其分布參數。
根系地下觀測室法。根系地下觀測室法通過建立大型地下根系觀測箱實現，透過玻璃可以觀測到部分棉花根系的真實生長狀況。該方法的優點是可以在不破壞根系的情況下連續觀測根系的生長情況，易于對根系進行形態學方面的研究。缺點是投入太大不易普及；根生長遇到玻璃后可能會發生形態和方向的改變，從而不再能觀察到真實的生長狀況。現代根系分析系統的應用
。現代的基本原理是將掃描系統與圖形分析軟件結合起來，利用圖像分析軟件對掃描的根系圖像進行分析，計算出根系長度、表面積、體積、根尖數量等指標。目前應用的有英國的DT-SCAN根系分析系統、加拿大的根系分析系統、美國的BTC-10OX根系生長動態監測分析系統、美國CID公司的CI-600根系分析系統、國產的LA-S型植物根系分析儀系統以及美國生產的植物根系X-光掃描成像系統RootVizFS等。其中RootVizFS系統可以全方位拍攝根系的立體X-光照片，是非破壞性的原位分析系統，非常適合于研究植物根系對脅迫的動態響應。此類新儀器的應用降低了研究者對根系參數獲取的難度，但高精確度以及對大田植株整體根系的動態監測還難以實現。
根系分析系統功能特點：
1、人工輔助修正：圖像可放大縮小和局部觀察。
2、根系分析系統統計效果監視：監視和修正植物對象分析的精度。
3、自動雜質剔除：根據尺寸等方面的區別，進行自動雜質剔除。
4、根系分析系統輔助測量功能：
尺寸標定：自帶標定功能，實現半自動的尺寸標定，XY向可分別標定修正；
長度測量：具有跟隨放大鏡功能，通過鼠標拖動精確測量；
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根系分析系統的圖像處理功能