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各種新鮮家畜糞尿和墊圈材料混合形成的肥料，需要在堆積過程中通過微生物的作用，腐熟分解成為作物可利用狀態的養分和腐殖物質。這樣的有機肥才適合施用，堆腐關鍵是要及時，常用堆腐有機肥的方法有三種。
疏松堆積法
將起圈的新鮮牲畜糞尿疏松堆積于積肥場地，堆積過程中保持通氣良好。在高溫條件下，牲畜糞尿腐熟分解快，在短時期內，可以制出腐熟的有機肥。
緊密堆積法
從圈內起出的牲畜糞尿，在積肥場地一層層地堆積起來，邊堆積邊壓緊。如果太干，可加適量水以保持濕潤，肥堆的高度以1.5米至2米為宜，待堆積完畢，用泥土把肥堆封好，溫度一般保持在15℃至35℃。
采用這種方法腐殖質積累較多，氮素損失較少，大約經過3個至4個月后，有機肥可達半腐熟狀態，6個月以上才能完全腐熟。
疏松緊密交叉堆積法
采用疏松緊密交替堆積，既可縮短有機肥的腐熟時間，又可減少氮素損失。
把新鮮有機肥在圈外疏松堆積約一米高，不壓緊，以便發酵。一般在2天至3天后肥堆內溫度可達60℃至70℃，以后還可繼續堆積新鮮有機肥，這樣一層層地堆積，直到高度2米至2.5米為止。用泥土把肥堆封好，保持溫度，阻礙空氣進入，防止肥分損失和水分大量蒸
一般1個半月至2個月就可達到半腐熟狀態，經過4個月后就可完全腐熟。
此外，為了提高有機肥肥效，減少氮素損失，可加入4%的過磷酸鈣和有機肥混合堆積。