卵菌門中有幾個非常有名的病害：腐霉屬的瓜果腐霉引起的猝倒病、疫霉屬的致病疫霉引起的晚疫病、霜霉屬的霜霉病。
這些病原菌一般都為低等真菌，典型特征是發病后期產生灰白色菌絲，而且都是高濕病害。
一般防治霜霉病的藥劑都能兼防晚疫病，如大家熟知的克露、殺毒礬。
早疫病則屬半知菌亞門絲孢綱絲孢目鏈格孢屬，致病菌名為茄鏈格孢。半知菌屬高等真菌，而鏈格孢屬下的很多致病菌引起的病害一般都為葉斑類病害，像大蔥紫斑病、棉花輪紋斑病等，這類病害發病后期都在病部產生灰黑色霉狀物。
另外早疫病和灰霉病同屬絲孢目，所以防治灰霉病的藥像異菌脲、腐霉利等也可以治療早疫病；另外一般葉斑類的病害用***類的多，像苯醚甲環***、氟硅***等。